
武藤双六から譲り受けた千年パズルを組み上げたことによって、もう一人の人格を宿すようになっが、たとえ敵であっても許して信じる事が心優しい少年・武藤 遊戯。
ある日、デュエルモンスターズの創造者「ペガサス・J・クロフォード」から一通のビデオレターが届く。そのビデオレターに現れたペガサスがデュエルをすると言い出し、テレビの前にカードを置いてデュエルを始める遊戯。
しかし遊戯の戦略は、全て見透かされ、時間切れによって遊戯の敗北扱いとなり、罰として祖父・双六の魂をビデオに封印されてしまう。最後にペガサスは、自分が「千年眼(ミレニアム・アイ)」を持っている事を告げ、消えていった。
双六を救う為、ペガサスが提示した条件である、「決闘者の王国(デュエリストキングダム)」への参加を決意する遊戯。親友の城之内克也と共に王国での戦いに挑むが、各地から名だたる決闘者が集まっており、その中にはペガサスの刺客「プレイヤーキラー」が紛れ込んでいた。
遊戯達はそれぞれの目標を果たせるのか。そして、前回の戦いの末、昏睡状態になっていた海馬は…。
(wikipedia等参照)