
ある夜、ヴィントブルーム王国:風華宮に賊が侵入。国王と王妃が殺害され、国王に仕えていた元乙HiME(オトメ)も行方不明となる事件が起こる。それから14年…。
徒歩で砂漠を越える少女アリカ・ユメミヤ。彼女は、生まれてすぐに生き別れた母親を捜すため、『かつて母が乙HiME(オトメ)であった』という情報のみを頼りに、母の形見「蒼天の青玉」と共に、世界唯一のオトメ養成専門学校「ガルデローベ」を目指し、ヴィントブルーム王国へやって来たのだった。
入国直後、アリカは偶然出会ったガルデローベの予科生ニナ・ウォンと我儘な王女マシロ・ブラン・ド・ヴィントブルームと共に、謎の秘密結社「シュバルツ」の操る巨大な化け物スレイブに襲われてしまう。危機迫るその時、颯爽と現れ圧倒的な力を持って事態を収めたマイスターオトメ、シズル・ヴィオーラに憧れを抱いたアリカは、その場でオトメになることを決意、ガルデローベへと中途入学する。
(wikipedia等参照)