舞台は錬金術が科学として発達した世界にある軍事国家「アメストリス」。
幼き日に最愛の母親、トリシャ・エルリックを亡くしたエドワードとアルフォンスのエルリック兄弟は、母親を生き返らせようと、錬金術において最大の禁忌、人体錬成を行ったが、失敗し、兄・エドワード（エド）は左脚、唯一の家族である弟・アルフォンス（アル）は全身を失ってしまう。
エドは自身の右腕を代価として、アルの魂をかろうじて鎧に定着させたが、自分達の愚かさに気づく。その後エドは自ら失った右腕と左脚にオートメイル（機械鎧）を装着し、一時的に手足を取り戻す。
12歳となったエドは、国家錬金術師となり二つ名・「鋼」を授けられ、アルと共に元の体に戻る為、絶大な力をもつ賢者の石を探す旅に出る。しかし、旅には数々の試練がエルリック兄弟を待っていた。人ならざる人・ホムンクルスや、傷の男・スカーなど、迫りくる数多くの敵や苦難を乗り越え、エドとアルは本当の体を取り戻す事が出来るのか…｡
（wikipedia等参照）
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